Princip rada drobilice medicinskog otpada prvenstveno se oslanja na mehaničko rezanje i udarno drobljenje. Oprema koristi rotirajući rezni disk velike brzine i oštrice za rezanje, trganje i mljevenje unesenog medicinskog otpada. Otpad se neprekidno sudara i trlja unutar komore za usitnjavanje, postupno se usitnjavajući u granule ili male komadiće za naknadnu sterilizaciju ili obradu. Ovom mehaničkom metodom usitnjavanja mogu se obraditi različite vrste medicinskog otpada, uključujući plastiku, gumu i papir, uz smanjenje količine otpada.
Sustav napajanja sjeckalice ključan je za pokretanje procesa usitnjavanja. Motor pokreće disk za rezanje na rotaciju preko reduktora ili izravno, a oštrice režu otpad velikom brzinom. Brzina rotacije, broj noževa i raspored reznog diska određuju učinkovitost usitnjavanja i izlaznu veličinu čestica. Centrifugalna sila i sila smicanja generirane velikom brzinom rotacije brzo drobe otpad unutar komore za usitnjavanje i ravnomjerno ga ispuštaju, čime se poboljšava učinkovitost obrade. Osiguran je i sigurnosni sustav zaštite i kontrole pražnjenja. Ulaz za hranu obično je opremljen zaštitnim uređajem koji sprječava operatere da dodiruju oštrice; izlaz za pražnjenje je dizajniran da osigura glatko pražnjenje usitnjenog otpada. Kontrolni sustav može prilagoditi snagu i brzinu motora i automatski zaustaviti stroj u slučaju preopterećenja ili blokade, osiguravajući siguran rad opreme. Usklađenim radom mehaničkog drobljenja i sustava kontrole, drobilice medicinskog otpada postižu učinkovitu, kontroliranu i higijensku obradu otpada.